广州军政府虽🄅🞜🔿然恢复了，实际上势力仅及广东一省。
这期间，孙中山的处境是很艰难的。在🖇🐤🁲南北战🄐争其间，列强驻中国的外交团曾和中国的南北政府订有协定，将各省关税余款百分之十三交付军政府。当孙此番再接收军政府后，外交团提出军政府权力只及广东一省，不能代表西南，停止这笔拨款。
军政府外交部长伍廷芳曾屡次向驻粤领事团提🄐出抗议，最后一次声称如果不履行协定，军政府将接收海关以资报复。列强🅘并不买帐，出动了大批炮舰驶白鹅潭示威。
看到☖⛅🗽北京方面有徐世昌这个总统，比广州政府在国际上各方面都叫得响，孙中山认为南方也必须成立一个名正言顺的🇶政府。
前边提到过，很长时间了，孙中山就想有把广州的军政府正式化🎇，正式之途径就是选举总统，改变四不像的总裁制。
只是，这个计划一开始就遭到西南各省的反对。理由是西南各🌯🂨👓省已树自治旗帜，“护法”二字已经不足🄹🏜以号召，何况旧国会议员在广东的，仅二百余人，也距离选举总统的法定人🙘数甚远。
广东的实力派人士☍陈炯明，内心是倾向联省自治的，只是不便公开提出反对意见。而🙁陈炯明部下叶举、洪兆麟等人则反应强烈，公开反对选举总统，甚至以军队不⚧📲稳相要挟。
将桂系赶出广东后，孙中山极力主张乘胜追击夺取广西，把桂系从西南清除。选举总统不成孙中山退而求其次，打算在主席总裁的名义上加一个“大元帅🃅🕚”头衔，由他自己带兵去打广西。对此，陈炯明同样不赞成，他的意见是应首先巩固广东省自治，再徐图团结西南，共抗直系。
孙中山曾和陈炯明恳切密谈，劝陈认清环境，眼光放远，以一个人作比喻，如果心肝五脏都已溃烂，则四肢怎会完好？一个国家如果糜烂，广东一隅岂能保全？至于保境则需依赖军队，养兵以保境则财困民疲，所谓息民岂不是空谈。息民做不到更遑论建设？不能建设，广东一省如何进步？不能进步则是固步自封。所以今天🌷大家应该把眼光放远。从大处着想，皮🜁之不存，毛将焉附！
对于孙中山，陈🁷炯明有他的看法，如他对唐继尧所说：“中山只是一个大炮”。有了这样的观念，孙纵有再多的金玉良言陈也很🜟难听得进去🄛。
孙中山对陈炯明不合作不听命的态度，非常忿怒，忍无可忍，打算削减其军权，或是免除其省长兼职，使其不能继续掌握财权（当时财权在财政厅，受省长管辖，⚧📲财政总长则有职而无权）。或者解除其陆军总长兼职而以唐继尧继任，但汪兆铭等劝孙中山投鼠忌器，怕闹🏫🜿🇸得下不了台反而撕破了脸。
孙中山在一九二一年😮元🁇🃧🚈旦庆典上，在对军政府同仁训话时，表示护法不能解决问题，希望国会在广东组织🃍政府，对国际间明白昭示，必需北伐以统一中国。因为北京政府既不合法，又不孚民望。
孙的主张传出后，海外华侨、社会贤达、国民党支部都纷纷电请孙，从速组织选举总统。
这时，🃂北京政🄅🞜🔿府在国际间强调南方已没有军政府，全国已经统一，因此向四国银行⚡💽团洽商大借款。
孙中山认为时机迫切，🁇🃧🚈亟应把握时间，免得国际间真的进一步和北京政府连成一气，北伐大业就更加困难。便于一九二一年四月四日，宴请在广州的国会议员，正式要求国会从速选举总统，如果国会不肯同意，他就一走了之。
前边也提到过，对于选举总统，唐继尧在云南时是不赞成的，到了广东后由反对派变成了赞成派。于是七位总裁中，现在已有四位总裁站在同一阵线上，孙的选举总统主张就很🔀♌容易实现了。
四月七日在广州的国会非常会议参众两院联合举行会议，议员出席二百二十余人，由参议院议长林森主持，首先通过了高镇圭提出的改开非🄛常会议的动议。在非常会议中，讨论周震麟所提的“中华民国政府组织大纲”。接着丁蹇动议续开二读会，照组织大纲原案七条通过。
四月十日，广州非常国会依大纲第二条选举大总统，除废票一张和投陈炯明的三票外，孙中山以二百一八票当选非🛍🛆常大总统。🏑🙚
同日非常国会通告全国，孙中山当选为非常大总统：“外交迫切，内乱迭起，北京政府已自承认非法，取消其伪政府资格，中华民国对内对外，皆不可不成立正式政府，特于本日在广州开国会非常会议，议决中华民国政府组织大纲，并依大纲第二条🗠🝂🈒条文，大总统由国会非常会议选举之，以得过投票总数之半者为当选，于本日选出孙文为中华民国🌓大总统，特此奉闻。”
民国☖⛅🗽十年五月五日，孙中山在广州就任非常大总♗🈥统，宣布军政府撤销。广州市民数十万人，举行盛大而热烈的庆祝会。
上午八时由国会议长林森持国会当选证书赴总统府向孙呈递，九时半在国会礼场举行授印典礼，由林森议长担任主席。
孙宣誓后，议长林森以🁇🃧🚈大🏒🙡总统印绶付予孙，然后向孙致词：
“改辙易轨，为求治常经，达变通权，尤匡时急务。同人等鉴于军政府之组织，权责不专，遇事瞻顾，至大乱未平，而国本先涣，乃谋彻底之改造制定中华民国组织大纲，选公为大总统，畀以戡乱建设之全权，期早统一民国，再造共和；妥协邦交，实成法治。谋社会幸福，靳永久和平⚸。民国前途，胥公是赖。公其宣达民意，尊重民权，黾勉仔肩，以无负国民重托，斯则同人等所以代表民国而殷殷深致其属望者也。今者受职伊始，谨致中华民国大总统印绶，俾公发号施令，资为符信，公其勉旃！”
孙中山就任非常大总统，即⛕🚎发表对内对外宣言。