王瑾在攻下一座城市之后，照例要坐堂审案，尤其是府城这样的大城市更是如此。有三批人被陆陆续续带了上来。
第一批照例是城中的劣绅，以及官吏、守备太监等人。吉庆玉呈上的册子里已经详细记载了他们的罪行，总体来说好人不多坏人不少，问问口供，照着判就是。虽然吉庆玉所说不一定是真相，至少比这些人自己说的更接近真相，反正明朝的大老爷也是这样审案的，王瑾心理负担也不太大。其中，以守备太监杨泽最为贪婪残暴，为防止百姓毁尸泄愤，处斩之后直接焚化，深埋于僻静处。
第二批是牢中的囚犯。农民军打下城市之后尽释囚犯是惯例，王瑾比别人谨慎一些，把杀人、强奸、抢劫、纵火这样的重犯留下重审，其他轻罪的一概放走。
重审倒也不需要包公、宋慈、狄仁杰、福尔摩斯、工藤新一的本领，有几个被诬陷的，还有那些犯罪但事出有因的，都挺容易审。王瑾处理这种事务已经很有经验了，这些冤案中，豪势之家与官员、师爷、胥吏勾结得都十分明目张胆，栽赃手法粗糙至极。怪不得但凡是个既有良心又有胆子的大官，都能平反几桩冤案。至于那些没条件勾结官府的小民，绝大多数都缺少知识储备，所以也搞不成什么神奇诡异的犯罪手法来。
最后一个犯人居然是凤阳知府颜容暄，他以为流寇破城肯定会大赦囚徒，于是换上囚服躲进了牢房，想趁乱混出城去。但囚徒中有不少认识他的，他立刻就被揪了出来。吉庆玉的黑名单上也有他一个，判了个斩首示众。
第三批就难办了，他们是关押在凤阳高墙之内的罪宗。
高墙是明朝用来囚禁宗室子弟的监狱，顾名思义，确实有一圈高墙包围这座监狱，由凤阳守备太监负责，有二百多名高墙军看守。很多犯罪宗室及其家属都被囚禁在这里，有的关一段时间之后能放出去，有的则是终身囚禁，甚至连子孙后代都囚禁在这里。直到弘治年间，才允许罪宗子女和凤阳本地人婚配。此时，高墙内共关押罪宗二百六十五人，连同家属，总人数在千人以上。
这些罪宗就很难审理了，其中不乏罪大恶极之辈，有的是杀人抢劫，有的是强抢民女，但是，其中也有被冤枉的。宗室也分三六九等，有的宗室像福王、潞王那样富可敌国，有的宗室连养家都难。这些下层宗室中，有的成了地痞流氓，这也是高墙罪宗的最大来源。但也有安分守己，只想活命的普通人，和其他平民百姓一样，受到地方官吏、土豪劣绅甚至宗族兄弟陷害，被关押在了这里。
本地的罪犯很容易审，而罪宗来自全国各地，王瑾就是有天大的本事，也审不明白这二百多件案子。看案卷，每一个都被写得恶贯满盈，一提审，每一个都说自己冤深似海。
王瑾索性不审了，所有罪宗全部发往杂役队挑水砍柴，铡草喂马，家眷也不拆散，分入妇女队、孩儿队。反正老子是流寇，还怕队伍里有几个罪犯吗？
接下来的问题就是，朱元璋曾经出家的龙兴寺，还有凤阳的明朝皇陵该如何处置？
按照吉庆玉的建议，一定是要烧寺、拆殿、刨坟的。关于凤阳的龙脉，早就有各种各样的传说，吉庆玉也都整理出来了，还有本地道士献压胜之法。
自然，王瑾一个都没采纳。
“昔日朱元璋入南京时，揭榜禁剽掠，有卒违令，斩以徇。降兵疑惧不自保，元璋解甲酣寝达旦，众心始安。居民各安堵如故，贤士礼用之，旧政不便者除之，毋使吏贪暴殃民。以康茂才为营田使，劝农桑，发粟振贫民。由是得军心、绅心、民心，虽仍有缺憾，亦足为其时群雄之冠，故可得天下，与鬼神龙脉这等虚无缥缈之说何干。”
“陵中所葬，乃是朱元璋的父母兄嫂，皆与我等一般，是乱世中之苦命人，生前不得享丝毫福泽，死于饥寒病痛，更无半分伤害于人。纵然后世子孙不肖，我等又何必与冢中枯骨为难？”
“当年朱元璋亦一穷汉，于皇觉寺，即今日之龙兴寺中出家，不过想苟全性命于乱世。怎奈元兵杀良冒功，逼其不得不反，这才有了明朝的太祖皇帝。可是朱家人做了皇帝之后，又来欺压我等穷汉，大明朝的官兵又来杀良冒功。”
“我非但不会烧寺毁陵，反倒要在皇陵享殿祭朱元璋，凡是反抗暴政，于百姓有益之人，都是我们的先辈。”
王瑾在皇陵中布设了祭坛，告祭朱元璋，但是这个祭典对于大明朝来说相当尴尬。
王瑾祭奠的不仅仅是朱元璋而已。排在第一位的是韩山童，其次是刘福通，然后是大宋皇帝韩林儿、天完皇帝徐寿辉、大夏皇帝明玉珍，此外还有彭莹玉、周子旺、芝麻李、布王三、孟海马、郭子兴、毛贵、关先生、破头潘等元末义军领袖，接下来才是朱元璋和明朝诸开国功臣。就连被朱元璋清算的蓝玉、李善长等人，也都在祭祀之列。
列入祭祀行列，并不代表王瑾完全认可此人的作为，在不少人的祭文之中也多有批评之辞，但是对于这些人反抗元朝暴政，匡天下重归太平的贡献，还是要感谢的。
“昔者齐宣王问孟子：‘汤放桀，武王伐纣，有诸？’孟子对曰：‘于传有之。’宣王曰：‘臣弑其君，可乎？’孟子曰：‘贼仁者谓之贼，贼义者谓之残，残贼之人谓之一夫。闻诛一夫纣矣，未闻弑君也。’……”
“《尚书》曰：‘天视自我民视，天听自我民听。’……”
“桀纣之失天下也，失其民也；失其民者，失其心也。……”
“凶年饥岁，百姓老弱转乎沟壑，壮者散而之四方者，几百万矣；而藩王、勋贵、阉竖、官绅之仓廪实，是上慢而残下也。……”