内阁三人组确定下来，六部长官也有了人选，南京朝廷终于开始运转。
刚刚成立的朝廷，大明的局势又如此复杂，事务极多，史可法、路振飞、王铎三个阁老每日忙的连轴转，处理着庞大而繁杂的事务。崇祯更是彻夜批阅奏折，勤政程度一如以前。
有感于人手不足，大学士王铎经史可法同意，奏请崇祯要求增加内阁成员。五月二十五日，经过廷推，礼部尚书钱谦益成了第四个内阁成员。王铎自感资历威望均不如钱谦益，主动避让，钱谦益便成了史可法路振飞之后排位第三的阁老。
朝廷新立，各部门缺额严重，接下来的时间，围绕着各个重要部门的空缺，各个内阁成员以及南京一众官员展开了激烈的人事斗争。特别是哪些想要在仕途上更进一步的官员，想方设法走着门路，拜门庭拉关系八仙过海各显神通。
逐渐的，官员们形成了三个派系，一是以内阁首辅史可法为首的清流派，其中成员包括刑部尚书吕大器工部尚书何应瑞等人；再就是内阁次辅路振飞的淮扬系，重要成员就是户部侍郎王寅，左中允袁可望等人；第三派则是钱谦益为首的东林派，包括阁老王铎、吏部尚书张慎言，户部尚书高弘图等人。
三个派系中，以钱谦益的实力最强，路振飞的淮扬系实力最弱。毕竟钱谦益是东林党党魁，在官绅中威望极高，很多东林党出身的官员自然而然的向其靠拢。
但因为在福王之乱中，钱谦益首鼠两端，失分极多，导致了一些持身甚正的官员瞧不上他的为人，而选择投到了人品正直品格高尚的首辅史可法麾下。
淮扬系虽然实力最弱，但路振飞深受崇祯信任，未来的前景分毫不差。而钱谦益和史可法又都属于东林党，两系的官员原本一家，所以整个朝堂局势可以说是错综复杂。
不过因为朝廷新立，有太多的利益可供大家瓜分，所以大家还未出现太大的分歧，也就没有太过激烈的党争出现，暂且算得上是一团和气。
现在朝廷最重要的事情有两个，一个是如何面对北方的强敌，再就是怎么处理涉及到福王之乱的人员。
北方的消息逐渐传来，在吴三桂的带路下，满清大军入关，吴三桂和满清联军在山海关击败了李自成的大顺军。匪首李自成被迫退出了北京，清军和闯贼如今正在北方进行激战，一时半会儿还不会对南方形成威胁。
针对如何处理吴三桂的问题，朝堂上众官员分成了两派，一派认为吴三桂以为崇祯殉国，为了替崇祯复仇，这才借兵剿贼，是大大的忠臣，史可法钱谦益均持此意见。另一派以次辅路振飞为首，认为吴三桂引清兵入关，相当于引狼入室，事实上已经背叛了大明，吴三桂此人已经不再是大明的臣子，根本指望不得。
朝堂上，两方针对这个问题展开了激烈的论战，路振飞势单力薄，在辩论上根本不是对方的对手。为了支持路振飞，陈越也上了奏折，言之凿凿道吴三桂绝对不会再回大明，加入了论战。
然而，就连崇祯都对吴三桂抱有幻想，认为他迫于无奈才借兵剿贼，不是真的背叛大明。在崇祯心里，闯贼要远比满鞑更可恶。满鞑只需要些子民财产就会退兵，而闯贼可是要夺去他的江山的。
北京城破，皇后自尽，三个皇子至今下落不明，这已经是崇祯心中永远的痛。他恨闯贼恨的痛彻心扉，所以引清兵入关的吴三桂在崇祯心里一点都不可恨，相反崇祯对吴三桂还有丝丝的欣赏和感激。若是没有吴三桂借满鞑剿贼，闯贼在北方站稳脚跟下一步肯定是出兵南伐，自己又如何能够安稳的坐在南京？
既然吴三桂是忠臣，自然不能寒了忠臣之心，朝廷经过商议之后，决定派兵部侍郎左懋第、前总兵陈洪范、兵部值房郎中马绍渝三人的代表团前往北京。
一是向吴三桂宣旨，封其为蓟国公，世袭罔替，并发白银五万两、粮食十万石犒赏关宁军，由太仆寺正卿沈廷扬督率船只运送。沈廷扬曾经督率过海路漕粮运送，经验极为丰富。
使团的第二个任务就是和满清朝廷商议，商谈联合剿贼事宜，并试探满清的底线，看其是打算占据大明的疆土还是和以前一样捞一笔就走？看看能否通过谈判让满清归还北京，为此付出一些银两财富也不是不可以。
朝廷的第二件大事自然是处理福王之乱善后事宜，福王被抓，一众从犯相继落网，是时候给这次叛乱画个句号。
内阁经过商议奏请崇祯同意，决定由刑部、大理寺、都察院三个部门共同审理福王叛乱之事，锦衣卫衙门负责监督协助。盖因福王之乱影响极大，审理的规格极高。
其实福王之乱事情极为简单，处置起来也不复杂，福王以莫逆之罪无可辩驳，按照宁王之乱先例，福王朱由崧处死，除福王之藩。
福王之乱主谋马士英已经自尽，其家人男的发配军前效力，女的发教坊司为奴。主谋太监卢九德，除以凌迟刑法。
忻城伯赵之龙、诚意伯刘孔昭，参与叛乱之举，均处死，抄没家产。
然而在魏国公徐久爵以及其他勋贵的处理上，审案人员发生了极大分歧。