而第三部，则发生在燕赤霞死后的许多年，故事十分独立，除了兰若寺、树妖姥姥、黑山老妖和冒牌的燕赤霞以外，其他的，都与前两部没有关系。
倩女幽魂前两部的故事很简单。
书生宁采臣赴郭北县收帐，因为身无分文，来到兰若寺投宿，被寺内道士燕赤霞所拒，于是宁采臣偷偷潜入寺中。
入夜，宁采臣被一阵琴音吸引，邂逅少女聂小倩。
聂小倩被树精姥姥胁迫，想要加害宁采臣，幸好燕赤霞赶到，救下宁采臣。
宁采臣善良正直，又多情，没有发现聂小倩想要害他，还喜欢上了聂小倩。
聂小倩被宁采臣的善良正直所感动，心生爱意。
树精姥姥逼聂小倩杀宁采臣，聂小倩不肯，姥姥命众女鬼欲杀宁采臣与小倩，燕赤霞再次出现，救下二人，姥姥重伤。
此时，宁采臣才知聂小倩是一个游魂，受树精姥姥控制，每夜四处寻找壮男，给姥姥吸取阳精。
为了让小倩投胎转世，宁采臣答应将其尸骨送回乡间安葬。
不料，聂小倩却被地府黑山老妖抢去为妻。
后来，宁采臣在燕赤霞的帮助下，救回了小倩，将她送进了轮回转世。
再往后，燕赤霞隐居兰若寺，宁采臣在回乡途中，无辜被牵连入狱，幸得狱中通天博学士诸葛卧龙相助逃狱。
逃狱后，宁采臣与昆仑派道士知秋一叶纠缠上，从误会以至相交，后一起投宿于一荒废山庄。
随后又偶遇傅家姐妹。
后来，众人合力救下了傅家姐妹的父亲傅天仇，并且得知了当朝国师慈航普度是一只蜈蚣精。
在燕赤霞的帮助下，众人终于杀死了为祸人间的慈航普度，傅清风也决定陪着宁采臣和燕赤霞浪迹天下。
李尧将倩女幽魂的故事，大概地捋了一遍。
他发现了一个很奇怪的情况。
无论是第一部中的燕赤霞，还是第二部中的知秋一叶，他们在斩妖除魔时，佛法和道法交替使用，甚至放在一起使用。
比如，燕赤霞经常使用的两个法咒是‘般若波罗蜜’和‘天地无极，乾坤借法’。
般若波罗蜜，是属于佛法。
而‘天地无极，乾坤借法’，显然是属于道法。
再比如知秋一叶，他经常使用的两个法咒是‘天地法灵，逐鬼驱魔令’和‘叭呢嘛咪吽，风火雷电霝’。